共16条线路，总长585.3公里，设站357座。其中组团快线4条、干线6条、局域线6条，另规划城际线4条。
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远期轨道交通线网规划方案图（点击看大图）
城际线网与区域轨道协调图
轨道交通线网规划方案一览表
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线路编号
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起点
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终点
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功能
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长度（公里）
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备注
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1
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罗湖火车站
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机场北
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干线
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44.1
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2
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蛇口
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东门
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干线
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31.3
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3
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保税区
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坪地
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干线
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49.2
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4
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皇岗口岸
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观澜
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干线
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27.2
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5
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前海湾
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大剧院
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干线
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42.4
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西端预留远景向南延伸的条件；宝安至布吉段站距较大，基本可达到快线功能要求
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6
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松岗
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龙华火车站
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快线
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37.2
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7
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罗湖太安
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西丽动物园
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局域线
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28.9
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8
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国贸
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小梅沙
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局域线
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25.9
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9
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罗湖火车站
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上沙
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局域线
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17.8
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10
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海上世界
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松岗
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干线
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42.2
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11
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福田中心区
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松岗
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快线
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49.7
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12
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体育新城
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坑梓
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局域线
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36.4
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13
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海上田园
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塘坑
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快线
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48.1
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预留远景南延至盐田的条件
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14
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福田中心区
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坑梓
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快线
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50.7
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15
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前海路
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石岩田心
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局域线
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24.7
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预留远景西延接5号线的条件
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16
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益田村
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平湖大望
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局域线
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29.5
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预留远景北延经东莞凤岗接12号线的条件；南部预留至深港边境河套地区的支线
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合计
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585.3
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穗莞深城际线
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福田中心区
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广州
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联系深圳核心区与前海－宝安、福永、沙井、东莞长安－虎门、莞城、广州等地；由11号线在松岗预留向西北延伸与东莞段线路衔接的条件，条件成熟时利用11号线轨道直通福田中心区
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深莞城际线
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龙华火车站
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莞城
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联系深圳中西部龙华、光明与东莞松山湖、莞城等地；由6号线在光明预留向北延伸与东莞市域轨道快线R1线衔接条件，条件成熟时利用6号线轨道直通龙华新客站
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深惠城际线
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福田中心区
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惠州
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联系深圳核心区、东部城区与惠阳、惠州等地；由14号线在坑梓预留向东延伸与惠州市轨道线路衔接的条件，条件成熟时利用14号线轨道直通福田中心区
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西部深港城际线
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前海湾
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香港
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联系深圳西部滨海地区与香港中心区及香港机场等地；由11号线在前海预留向南延伸至香港的条件
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深江城际线
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福田中心区
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江门
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联系深圳核心区、龙华、福永、中山、江门等地；由于跨江工程浩大，考虑与厦深铁路西延段合建，并利用广深港客运专线龙华以南段富余能力
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